洁净厂房建筑设计具有很强的综合性。建筑设计是为生产与生活筹划室内、外空间的工作，借以寻求空间功能合理、造型美观、经济耐用的综合效果。洁净厂房建筑设计则着重为了净化而去解决各项洁净技术专业分类在应用工程中的统筹安排。以获得最优化综合效果的空间，特别是洁净室的建筑设计与空气净化设计，两者在空间布局与气流组织、建筑气密与微正压控制等方面有着密切的关系，做好上述设计工作能保证洁净室内密性和洁净度的要求。反映了洁净厂房建筑设计的高度“综合性”。

再设计是充分理解运用现行的有关建筑设计规范、规程和规定。GB50457-2008如：《建筑设计防火规范》GBJ16-87（2001版）、《食品企业通用卫生设计规范》(GB14881-94)、《洁净厂房设计规范》(GB50073-2001)<洁净室施工及验收规范>（JGJ171—90）、《医药工业洁净厂房设计规范》8.2.2GB50457-2008。

(1)-般规定
1)洁净厂房的建筑平面和空间布局，应具有适当的灵活性。
2)洁净区的主体结构不宜采用内墙承重。
3)洁净室的高度以净高控制，净高应以100mm为基本模数。
4)洁净厂房主体结构的耐久性与室内装备和装修水平相协调，并应具有防火、控制温度变形和不均匀沉陷的性能（地震区应符合抗震设计规定）。
5)厂房变形缝应避免穿过洁净区。
6)送、回风管和其他管线需暗敷时，应设置技术夹层、技术夹道或地沟等。
7)穿越极层的竖向管线需暗敷时，宜设置技术竖井。
8)对兼有一般生产和洁净生产的综合性厂房，其方案设计和构造的处理，应避免在人流与物流运输以及防火方面对洁净生产带来不利影响。